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忍者的起源一直眾說紛纭，現有主流觀點認為，處於社會下層的農民為了各種目的從而運用各種工具——主要是由農具所改造——為領主完成各種任務，在一個長期過程中，相當一部分農民成為了專職秘策、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、攪亂敵方後援基地……等種種諜報活動的忍者。這些忍者在不同時期、不同地點受命於不同的領主，有的則為獨立的勢力。在忍術秘本中，留有聖德太子（五世紀末至六世紀初）身邊有位名叫大伴細人的忍者的記載。而這，也是最早的關於忍者的記錄。那時的忍者叫做“志能便”。在此後的歲月中，忍者還有“斥候”、“亂波”、“間見”、“見方”、“目付”這些名字。“忍者”這個稱謂，是從江戶時代開始確定的。
至於忍者具體的起源時間，則沒有人可以斷言。可以確定的是，忍者從產生之日起就受到了來自中國的影響。
有人認為忍術是由姜太公呂望最先提出的。在忍術權威書籍《萬川集海》中記載忍術思想的根源來自中國殷周之際的姜太公呂望，後經孫武、張良、韓信等人完善，形成了最初的忍術理論。特別值得注意的是，《孫子兵法》也很受後世忍者階級的推崇。在忍術傳入日本後，來自中國的忍術理論基礎與修練道和山中的伏擊戰技巧相結合，遂產生了日本特有的忍術，並同時產生了忍者這一特殊的職業。
而另一觀點則認為忍術是由傳入日本的中國漢代的五行術所發展形成的，與空手道、柔道一樣，都是產生於中國而發展於日本。
以上只是戰略上的起源。實際上，忍者修煉忍術的最本質最核心同時也是最頂級的目的並非是為了戰爭，更重要的是要達到與自然的和諧統一。同時為了對自己進行啟迪。所以忍者大多修煉佛教中的密宗。密宗起源於西南印度、德干高原，後來再向南印度和東北印度傳播，以超戒寺為中心，獲得波羅王朝的支持而迅速發展。後傳到中國。唐貞元二十年（804）,日本僧人空海大師來唐學法，在長安青龍寺從惠果大師受金剛界、胎藏界兩部秘法，並受傳法大阿阇黎位。3年後回國，以平安（今京都）東寺為中心弘傳密教，並建高野山金剛峰寺為傳教“根本道場”,創立真言宗,以傳金剛界密法為主，亦稱“東密”。
關於忍者所信奉的密宗，一種說法認為，日本高僧久保去大唐留學，得到天台山密宗的真傳，後將“九字真言”引入日本，成為了忍者的修習的心法。
而美國的現代忍者史蒂夫·海斯則在《伊賀的陰影》中提出，大唐衰落後，有大批游方僧、武將、文人流落到日本，成為了日本社會的中堅力量。他們同時也將大唐先進的科學技術、文化藝術以及各種武藝帶到了日本。忍術的基石，也就是由這些人奠定的。
這樣的說法並非沒有道理，日本與中國的聯系從邪馬台國時代就已經得到了發展。在其後的歲月中，日本一直與中國保持著各個方面的聯系。有一個強有力的證明這種觀點的證據既是人稱“鬼半藏”的服部半藏正成。
服部半藏（服部正成）（1542∼1596），本姓秦，祖籍為中國福建。在日本歷史中，服部半藏是個不能不提的人。據傳，他曾悟出了忍的真谛，達到了其他多少代忍者無法達到的境界。而他，也同時是德川十六將之一。
提到服部半藏正成，就一定要提到“伊賀穿越”。1582年，德川家康受盟友織田信長之邀游近江，當德川家康游至大坂府時發生了著名的“本能寺之變”，明智光秀發動叛變，織田信長死於京都本能寺。德川家康在飯盛山得到速報，起初要切腹殉死，後經過家臣相勸，轉而欲為織田報仇。然而此時他身邊只有八十護衛及侍童。失去了地主織田信長的保護，作為織田信長的幼時好友及盟友，他的處境很不妙。德川家康便與眾家臣商議，取道回國。由於中途必須經過伊賀，於是在場的服部半藏便利用老家力量召集了200名伊賀忍者與100名甲賀忍者沿途暗中護送，使得德川家康從飯盛山一直翻山越嶺到伊勢灣白子港，再搭船到愛知縣高濱港，逃回本國，路途共計96公裡。
盡管當時明智光秀由於找不到織田信長的屍體而驚慌失措，喪失了奪取江山的大好時機。然而身為重臣的他也一定會在實施叛亂前就得知德川家康身處近江的消息並制訂了暗殺德川家康的計劃。畢竟，德川家康與織田信長的關系匪淺，領地又與織田信長的領地相臨，占據了相當重要的戰略位置。
而忍者們保護德川家康的行為，也是一種回報。織田信長在1581年的第二次天正伊賀之亂中以數萬之軍圍攻只有2000（一說9000）人的伊賀忍者，伊賀眾上忍、中忍率領下忍沖出重圍，逃到各國。其中大部分都是逃到了德川家康藩國內。後來在德川家康建立幕府後，他令服部半藏正成組建“伊賀同心組”，並統率眾多忍者進行諸如維持社會治安等任務。
這個例子充分說明了忍者與大名的關系之密切。這是生死存亡的關系。無論對於德川幕府還是日後的“伊賀同心組”。
很多忍者總是依附於大名，並且身份低賤，一生貧苦。毫無仕途可言。對大名們來說，他們不過是殺人的機器罷了。在這一點上，服部半藏的仕途最為坦蕩，並且也避免了像一般忍者一樣淒慘地死去——畢竟他已可以算是一名精通長矛的武將而非忍者，又對德川家康有救命之恩——。可他直到死時也只有8000石的俸祿。當時，隨便哪個武士的俸祿就可以是10萬石。可是與其他大名相比，德川家康給予服部半藏已經夠多的了。而更多的忍者並沒有這些報酬。他們只能依靠手中的用農具改造的忍具和自己的智慧去想方設法完成任務。這也是為什麼眾多忍術已經失傳的原因——只有使用者知道如何使用那看似農具的忍具。
織田信長對伊賀忍者的疑慮是有原因。作為三大忍術集聚地的伊賀，擁有眾多流派，勢力雄厚。當時，在百地丹波的領導下，伊賀已成為一支不可小視的獨立力量。
當時忍者已發展成為集團制。他們大多居住在偏僻地帶，遠離一般城鎮，成為了脫離皇室、幕府、大名的獨立勢力。在一個忍者集團中，通常分為上忍、中忍及下忍3J。其中上忍多世襲，是一派的首領，通常只負責本派的發展。在上忍手下有很多中忍。中忍負責具體作戰的計劃制訂以及傳達上忍的指令。而真正執行各種任務的，是為數眾多的下忍。
從分工上看，忍者又可以以具體擅長的技藝劃分種類。譬如“情報型忍者”。
這些忍者集團有著嚴格的組織關系。他們擁有自己獨特的忍術及風格。本派的忍術，通常只傳授本派子弟。這些子弟從三至五歲時便開始接受體力以及精神上的包括力量、敏捷、速度、耐力及平衡等方面的嚴酷訓練。在這些訓練中，受訓者隨時都有流血甚至喪命的危險。例如，在訓練敏捷時，受訓者必須快速穿過一條狹小曲折並且牆壁上插滿刀劍的走廊。若稍有不慎，便會落得刀劍穿心的下場。而正是這些體力以及精神上的修煉，使得忍者擁有了非凡的能力。
但是這些並沒有改變忍者悲慘的命運。
盡管忍者的身份極其低賤，然而他們又是各大名所不可缺少的。“甲斐之虎”武田信玄便是一個極其喜歡使用忍者的大名。他暗地收羅並組織了一批忍者為其服務。他與忍者的關系，更由於“飛加籐”的故事而添上了一抹陰暗的色彩。
加籐段藏（生卒不明），在民間故事中被稱為“飛加籐”，是一個極為優秀的忍者，擅長幻術。為了出仕，起先侍奉上衫謙信，卻由於出眾的技藝使得上衫謙信起疑，想要殺掉他。加籐識破了上衫謙信的陰謀，及時脫身。轉而投奔甲斐之虎武田信玄麾下軍師山本勘助。
某天武田信玄與眾大臣一同觀看他的表演，令他躍過3丈高的圍牆，又在牆下暗中放置了荊棘，想要看他的笑話。沒想到他在躍過牆後在空中便察覺有異，竟一個倒躍又躍回牆那邊去了。
這下眾人大開眼界。然而當山本勘助詢問武田信玄是否錄用加籐段藏時，武田信玄回答竟是“斬掉”。於是加籐受到酒宴款待。一心仕途的加籐被沖昏了頭腦，以為武田信玄會收下他，就不免掉以輕心。當他喝得爛醉後，埋伏在門外的刀手便沖進來將他殺死。一個天才的忍者就這樣死去。
在1869年刊行的《名將言行錄》中，記載著武田信玄當時為何下令斬掉加籐的理由：“那種異乎尋常的功夫，將來很可能成為葬送武田家的武器，現在除掉比較安全。”
這便是忍者命運的最好解釋。加籐段藏就是因為沒有認清忍者的命運，才會這樣死去。領主是不會允許優秀的忍者存在於身邊的，卻希望忍者能夠更優秀，更好更多地完成各種任務。這是矛盾的，然而這又是必然的。忍者高超的技藝、堅韌的毅力以及超乎常人的精神，
使得其成為每一個大名潛在的威脅。
忍者是一柄雙刃劍，沒有人可以掌握。
事實也證明，優秀的忍者往往會悲慘地死去。由於忍者在暗處，武士在明處。因此武士對忍者極度仇恨，一旦逮到，便會用盡辦法折磨忍者。所以許多忍者寧可自殺也不願讓武士逮捕到自己。為了保密，在死之前還要將自己毀容。
集團制的忍者通常只會保守雇主的秘密，而並不會效忠某位大名。在這方面，風魔小太郎所領導的風魔一族是一個另類。然而風魔小太郎並非嚴格意義上的忍者。因此，可以認為，集團化的忍者是以雇傭兵的身份存在的。
至於那些不幸被逮捕的忍者，等待他們的往往是極其殘忍的處罰。
石川五右衛門（？∼1594），以畿內為中心的盜賊團頭子、忍者。文祿3年（1594年），他潛入豐臣秀吉的房間，想要偷竊有名的“千鳥之香爐”，然而不幸被捕。在面對豐臣的審問時，他破口大罵，說道“我不過是偷竊財寶罷了，而你豐臣秀吉卻是偷竊天下的大盜。”後來在京都三條河受刑之前，仍大罵豐臣秀吉，之後跳入沸騰的油鍋中死去。
這僅僅是豐臣秀吉與忍者的直接接觸之一。在他奪取大權之後，有無數忍者——其中一些是自由的忍者——試圖刺殺他，卻總是因為技藝不高超而失敗。事實上，像豐臣秀吉這樣的大人物總是很小心地防著忍者的。天正十二年六月，幻術高超極至的果心居士就是因為在豐臣秀吉面前玩弄幻術而死的。這樣的忍者實在是太多了。他們許多都沒有留下姓名。他們中的許多人，或者成功刺殺了一個大名，或者自己被大名殺死。而被忍者殺死的大名也實在太多了。
事實上，在進入江戶時代後，集團化的忍者便基本瓦解。剩下的忍者，或是被殺，或是作為雜耍藝人在宴會時展露幾下幻術。再無往日的輝煌。
可以說在亂世的戰國中，相對來說，忍者的力量很微弱，根本不足以抗衡那些大名。然而忍者就是那很關鍵的影響歷史的一個因素。如同老鼠殺死大象一樣。他們是那致命的一擊……
進入江戶時代後，由於長期的和平，忍者逐漸失去了活動的空間。1637年“島原之亂”是有文字記載的忍者的最後活動。1676年，籐林保武結合中國和日本歷代名將的思想與武學精華，參照《六韬》和《孫子兵法》的內容寫成了集忍道、忍術、忍器於一體的忍者權威著作《萬川集海》。之後，忍者便消失在了時光中，如同他們消失在寒冷的夜中一樣……可無論如何，他們在歷史中，也曾經是一顆短暫卻耀眼的流星。雖然逝去，卻仍在某個角落，靜靜地綻放光芒……