剛到廣州，人生地不熟，黃飛鴻找了一家當鋪暫時住下，夜裡就有一夥強盜闖進來要劫錢。黃飛鴻赤手空拳，打跑了十幾個強盜，在廣州聲名鵲起，“少年英雄獨鬥惡霸”的佳話傳了出來。
黃飛鴻賣藝的地方是廣州第七甫，這一帶多是銅鐵匠鋪，打鐵煉銅的工人很多，他們生活清苦，每天靠力氣吃飯。
黃飛鴻這樣的武者是他們最喜愛的，所以黃飛鴻第一天表演就被圍滿了觀賞的工人。日子久了，黃飛鴻也逐漸與工人們混熟，經常在他們休息的時候教習一些比較基礎的拳法腿法。
幾個月之後，有工人提議，讓黃飛鴻開一家武館，他們一定會去捧場。黃飛鴻也猶豫了起來，開武館有利有弊，如何權衡。
當時的廣州，洋人橫行猖獗，百姓們有不少都只能被欺壓凌辱，日子十分艱苦。學學武術，好有防身之力，倒也不失為一種辦法。所以廣州有不少武館，生意也不錯。
但是開武館不是一件簡單的事情，黃飛鴻孑然一身，支撐偌大一個武館必定分身乏術。但是工人們十分希望黃飛鴻能夠下定決心，他們甚至給黃飛鴻湊了一筆錢來支援他。
黃飛鴻感念恩情，也決定開武館，傳武術。在工人們的幫助下，武館很快張羅起來，起初規模很小，黃飛鴻一人既是武師，又是掌門。前來學習武術的人以認識的工人為多，也有一些聽聞過黃飛鴻事蹟的人，懷著好奇心前來練武。
當時也有不少其他的武館，武師們雖然武藝不凡，但總是恃才倨傲，看不起人。其中一位武館掌門李澄波，對黃飛鴻的意見很大，認為他只是一個毛頭小子，如何有本事教人武術，甚至上門踢館。
但是黃飛鴻幾十個回合，就把李澄波打得落花流水。自此，廣州武館界再沒人敢對黃飛鴻說三道四，而是把這個年輕人真正當成一個大師看待。
黃飛鴻教武術，每天都會告誡徒弟，習武者修身養性，不要好爭鬥狠；要有濟世武德，萬不可用武術來作惡；更要報效國家，兼濟天下，不能只求一隅偏安。這三點，與儒家的修齊治平十分相像。
黃飛鴻在廣州開了四年的武館，教授了不少有所成就的徒弟，其中林世榮是成就最高的一位。林世榮從黃飛鴻的武館走出之後，又開了三家武館，教授的弟子過萬人。
四年之後，黃飛鴻把武館託付給徒弟，又去了香港闖蕩。在香港生活了兩年之後，收到了黃麒英的書信，希望他能早日歸家，娶妻成親。
黃飛鴻回家以後，經父親介紹娶了一位妻子，可是兩個月之後妻子就因病去世。黃飛鴻年紀輕輕，就成了鰥夫，中年喪妻的她心中也是鬱鬱不平。
所幸不久之後，廣州水師希望聘請黃飛鴻為武術總教練。黃麒英早就有讓兒子踏足仕途的意思，且黃飛鴻一直報國無門，如今有了機會，就趕忙收拾東西出發了。
廣州水師成立於1664年，是清朝最早的近代化海軍艦隊之一。黃飛鴻抵達之後，立即制訂規定，準備操練士兵，以圖強軍強國之志。
黃飛鴻為了操練水軍殫精竭慮，把自己的畢生絕學都傾囊相授。每日白天教練士兵，晚上回去還要反思、計劃，十分疲憊。
原以為如此一來，水師的實力會有所提高，但是黃飛鴻當了數年教練，發現士兵們沒有一點長進。黃飛鴻百思不得其解，於是調查原因，可越是深入，他就越失望。
水師內部腐敗不堪，士兵每日操練只為應付差事，毫無鬥志；軍官貪圖餉銀，驕奢淫逸，沒有擔當。黃飛鴻有心無力，只能苦苦維持。
1886年，黃麒英因病去世，黃飛鴻悲痛萬分，再加上原本賞識他的記名總督吳全美也意外去世，心中已經沒有了鬥志，於是辭官回家。
黃飛鴻身上，有父親的兩個傳承。其一是武術，其二便是醫術。黃麒英十分擅長治療跌打損傷，這方面黃飛鴻也學了九成九。
數年水師教練碌碌無為，黃飛鴻對武術有些絕望，於是寄希望於醫術，希望開醫館，遍濟世人。
廣州仁安街，黃飛鴻的醫館即將開業，正缺一個響亮的名字。一日，黃飛鴻想起自己曾經有一個弟子名字叫伍銓萃，是位文人，後來中了進士，書法頗為精湛，曾經送給自己一副對聯。
這幅對聯寫道“寶劍騰霄漢，芝花遍上林”，於是取“寶芝林”為名。
後來有一日，黃飛鴻的好友重民前來拜訪，希望能夠一觀伍銓萃的對聯，黃飛鴻就拿了出來。誰知伍銓萃一看“芝花遍上林”，臉色頓時大變，拿起桌上的墨水潑在這半邊對聯上。
黃飛鴻阻攔不及，眼睜睜看著大好白紙黑字，變成了一團墨跡。重民解釋道：芝花遍上林這句實在不妥，“芝花”寓意人才，“上林”寓意皇家，這句詩就是說天下英才都要給皇帝服務，如今清廷昏庸，如果把這幅對聯掛出去，恐怕要遭人唾棄。
重民提筆鋪紙，重新寫了一副“寶劍出鞘，芝草成林”的對聯送給黃飛鴻，自此“寶芝林”正式成立。
黃飛鴻開醫館，求的是懸壺濟世，治病救人。不論身份，將軍也好，平民也罷，不管錢多錢少，能幫就幫，能治就治。
黃飛鴻行醫不求賺錢，也不願藏私。他曾經親自把一些治療跌打的浸泡方法、夏日清熱去火的涼茶配方無償公佈出來，這對那些窮苦百姓來說，無疑是十分有用的。
閑暇之餘，黃飛鴻還酷愛舞獅，他把一些即將失傳的舞獅技藝挖掘出來整理成冊，很好地保護了這一傳統民族藝術。黃飛鴻也親自編排過一些舞獅套路，融合進了自己的武術之後，舞獅的難度更高，觀賞性也更強。
一日，黃飛鴻正在街頭舞獅，忽然一名年輕女子走上臺，上來就給了黃飛鴻一巴掌。黃飛鴻十分吃驚，但也沒有生氣，急忙詢問原因。
這女子呵斥道：什麼黃師傅黃飛鴻，表演如此不堪！把鞋子都飛到我臉上了，如果今天你表演的是刀子，我還有命在？
黃飛鴻低頭一看，自己的一隻鞋子竟然不知何時已經不見了，原來是表演中飛出去，砸到了這名女子。於是黃飛鴻說道：姑娘教訓的是，今天的確是我的不對，這一掌我應當受！
回去以後，黃飛鴻想起那女子對她絲毫不懼，怒斥之間別有一番風情，讓他十分喜愛。於是他主動託人找到這女子，並登門求親。
這女子正是莫桂蘭，當時她才19歲，黃飛鴻已經50多歲了。但是莫桂蘭也非常仰慕黃飛鴻，兩人就這樣成了夫妻。
雖然曾經有過驚鴻一瞥，但是夫妻兩人沒有什麼感情基礎，所以成了夫妻之後，也有師徒的感覺。黃飛鴻經常傳授莫桂蘭一些基本的武術套路，比如十字梅花劍之類的小巧武術。
黃飛鴻有一個兒子叫黃漢森，小時候肥肥胖胖，非常受黃飛鴻的喜愛。黃飛鴻把自己的真傳武術全部傳給了黃漢森，希望他將來繼承自己的衣缽。
但是1919年，黃漢森在做保衛的時候，有一位同事鬼眼樑得知了他是黃飛鴻的兒子，就提出切磋一下。沒想到三兩下就被黃漢森制服，因此懷恨在心。
中秋佳節，鬼眼樑故意把黃漢森灌醉，然後開槍打死了黃漢森。事後，鬼眼樑為了逃避責任，還說是黃漢森要開槍殺他，出於自救才不得已打死了黃漢森。
黃飛鴻後來得知兒子是因為施展了武術才被鬼眼樑打死，傷心不已。老年喪子乃是人生大悲，黃飛鴻遂發誓不再教授兒女武藝，自己也專心醫術，不問武術。
日子一天天地過下去，黃飛鴻漸漸老了。莫桂蘭照顧黃飛鴻，十分盡心儘力，絲毫沒有因為他的年紀而嫌棄，原本兩人以為可以這樣一直過到自然老去，但意外還是發生了。
1924年8月，廣州國民政府為鎮壓商團的暴亂，發動大批軍兵對商界進行破壞。黃飛鴻的寶芝林也被牽連進去，偌大一個醫館被一把火燒成灰燼。
黃飛鴻苦心經營近40年的醫館蕩然無存，他的心也隨之付之一炬。失去了寶芝林，黃飛鴻一下子臥床不起。
武術、醫術是父親黃麒英傳給他的，也是他最堅實的兩根支柱。武術早已坍塌，如今醫術也成為泡影，黃飛鴻鬱鬱難平，次年4月17日便病逝。
黃飛鴻去世時，寶芝林被毀，家徒四壁，家裡竟然沒有錢來安葬他。最終，黃飛鴻的一位女弟子鄧秀瓊出資，幫助了黃飛鴻的子女，才算是把黃飛鴻安葬。
回望黃飛鴻的一生，有過意氣風發，昂揚進取的日子，也有沉頓悲痛，傷心絕望的時候。或許他的長相併不如電影中英俊，但是他的氣節與胸懷還要遠勝電影裡數百倍。
一代宗師黃飛鴻，實至名歸，滿懷愛國熱情，卻苦於世道艱辛，多有無奈。也許正在這滿是荊棘與霜雪的道路上，黃飛鴻那奮力前行的身影，才顯得更加高大偉岸。
